פרוטוקול הסקירה מפרט את השיטות לשימוש בסקירה ומספק תוכנית מפורשת לעבודתך. יש להתייחס להחלטות לגבי שאלת הסקירה, קריטריוני הכללה, אסטרטגיית חיפוש, בחירת מחקר, מיצוי נתונים, הערכת איכות, סינתזת נתונים ותוכניות להפצה. אם נדרשים שינויים בפרוטוקול, יש לתעד אותם ולהצדיק אותם בבירור. שינויים עשויים לנבוע מהבנה ברורה יותר של שאלת הסקירה, ואין לבצע אותם בגלל מודעות לתוצאות של מחקרים בודדים. 

פרוטוקולים עוזרים לצוות השיטתי להישאר במסלול ולענות על השאלה המקורית, לא על משהו אחר. זה גם קובע מסגרת זמן כך שהוא מסייע לצוות להתקדם לאורך ציר הזמן.

הפרוטוקול צריך לכלול:

• שאלת חיפוש או מטרה
• קריטריוני הכללה/הדרה (היקף כולל סוגי מחקרים, משתתפים, התערבויות)
• מאגרי מידע לחיפוש
• אסטרטגיית חיפוש מוצעת
• מתודולוגיה למיצוי וניתוח נתונים
• הצהרת אינטרסים
• מסגרת זמן

פרוטוקולים יכולים לשמש כתיעוד פנימי או שניתן לרשום אותם כדי להגביר את הנראות של מה שאתה מתחייב. זה עשוי לקשר אותך עם חוקרים אחרים עם אותם תחומי עניין או להתריע לאחרים שהסקירה השיטתית שלך נמצאת בתהליך ולמנוע כפילות. עליך גם לבדוק כדי לוודא שמישהו אחר לא הגיש פרוטוקול דומה לזה שאתה חושב לעשות.

שקול לרשום את הפרוטוקול שלך. PROSPERO , מהמרכז לסקירות והפצה באוניברסיטת יורק, הוא מאגר מידע בינלאומי של ביקורות רשומות בתחום הבריאות והרווחה. תכונות עיקריות מביקורות רשומות ונרשמו ומתוחזקות כתיעוד קבוע. הרישום עוזר לקדם שקיפות בתהליך הביקורת וגם מפחית את פוטנציאל הכפילות.