כתיבת עבודת הדוקטורט שלי ב-LaTeX: הניסיון האישי שלי

לפני כמה חודשים התחלתי סוף סוף לנסח את עבודת הדוקטורט שלי. השאלה מספר אחת שלי באותה תקופה הייתה: איזה עורך טקסט אפתח? אני מריץ את אובונטו, אז השימוש ב-Microsoft Office Word לא היה אופציה, שכן התקנת זה על מחשב לינוקס עלולה להיות מאוד בעייתית.

לכן, אלו היו האפשרויות שיכולתי לבחור מהן והסיבה שלא בחרתי בהן:

  • Libre Office Writer
    זה לא רע כמו שחלק מהאנשים מציגים את זה, אבל קשה לשתף פעולה היטב עם משתמשי Microsoft Office (קראו: המפקחים שלי), כי זה בהחלט יבלבל תמונות והפניות. אני גם לא מרגיש שהתוכנית הזו מסוגלת להתמודד עם קבצים גדולים ועתירי תמונות, כמו עבודת דוקטורט.
  • Office Online
    Office Online היא גרסת הענן של חבילת Microsoft Office האהובה שלנו וזמינה בכל חשבון Office 365. זה יאפשר לי לעבוד ב-MS Word באינטרנט. בהתחלה זו נראתה כמו אופציה הגונה באמת, אבל היו חסרות לה כמה תכונות עיקריות כמו מנהל התייחסות מתאים.
  • Google Docs
    אני מאוד אוהב את Google Docs. ניסחתי בו כמה גרסאות מוקדמות של שני כתבי יד כי זה ממש קל לשימוש עבור שיתופי פעולה. בנוסף, שמעתי דברים טובים על Paper Pie שהוא מנהל עזר ממש טוב עבור Google Docs. עם זאת, פחדתי שהמבנה המורכב של עבודת דוקטורט, כולל מיקום הגון של דמויות ותיוג אוטומטי של 6 פרקים, יהיה יותר מדי עבור Google Docs. בבקשה תוכיח שאני טועה.
  • Markdown
    אני משתמש הרבה ב-R Markdown לניסוח דוחות קצרים של ניתוחי R. אני אוהב את הסגנון הפשוט והברור שלו. קראתי גם על כמה אנשים שכתבו את כל התזה שלהם ב-R Markdown . הייתי אומר שזה די הרפתקני, אז עברתי על זה.
  • פנקס רשימות
    זו בדיחה.

אז נשארה לי רק אפשרות אחת נוספת:

  • שרף גומי

הפרופסור שלנו למתמטיקה הניע אותנו להשתמש ב-LaTeX בקורסי המתמטיקה במהלך שנות התואר הראשון שלנו כדי להפוך תרגילים לדיגיטליים ולשתף אותם עם תלמידים אחרים. אהבתי את זה אז, אבל חשבתי שזה משהו נישה בשימוש במחלקות למתמטיקה ופיזיקה בלבד. כנראה שזה לא:

נישה_לטקס

למדתי שהוא בשימוש רב גם בביואינפורמטיקה. אז אם הייתי צריך ללמוד עוד דבר אחד לפני סיום הדוקטורט שלי בביואינפורמטיקה, זה יהיה "כתיבה ב-LaTeX".

מדוע השתמשתי ב-LaTeX?

הנה הסיבות שבגללן השתכנעתי סוף סוף להשתמש ב-LaTeX:

  1. LaTeX קל
    הפתיחה והעריכה של המסמך שלך ממש מהירה מכיוון שהוא מכיל טקסט רגיל בלבד. אין צורך לטעון בתמונה קבצי תמונה, הפניות מקושרות או טבלאות מורכבות, מה שעלול לקרוס את התוכנה שלך, וכתוצאה מכך לאובדן נתונים או עיצוב. הדברים האלה מתווספים רק כאשר אתה מחליט להמיר את קובץ ה-.tex הגולמי שלך ל-PDF.
  2. LaTeX זה כיף
    כתיבת דוקטורט היא עבודה קשה. מציאת הדרך הנכונה לנסח את הממצאים המעניינים ביותר שלך יכולה להיות משימה מטרידה ומרתיעה. אם פעם בכמה זמן אתה יכול להקליד כמה שורות קוד כדי לשנות את הייצוג החזותי של הטקסט שלך כהסחה, אז זה תוספת נחמדה שיש. מרטון מסכים .
  3. LaTeX גמיש
    אם תרצו לקבל סגנון מותאם אישית ייחודי, LaTeX יכול לעשות זאת. זה מזכיר לי את הסיבה שבגללה עברתי מתוכנת צד שלישי להדמיית נתונים, לשימוש ב-ggplot2. קידוד נותן לך הרבה יותר גמישות מאשר לחיצה על מספר כפתורים בממשק משתמש. אני מודה, לוקח קצת זמן להכיר כמה פקודות לפני שאתה יכול לכוון את הסגנון בדיוק כמו שאתה רוצה, אבל קהילת LaTeX גדולה ושמחה לעזור!
  4. LaTeX מסיר (כמה) משימות עיצוב שחוזרות על
    עצמכם לאחר שהגדרתם את הסגנון שלכם (או העתקתם את הסגנון של מישהו אחר), אין צורך לפרמט הכל באופן ידני. לדוגמה, בתזה שלי, כל פרק מתחיל במספר גדול מנומק ימני ואחריו כותרת הפרק . יתר על כן, כל פרק צריך להתחיל בעמוד הימני של החוברת. מדריך הסגנון שבו אני משתמש, עושה את כל זה באופן אוטומטי. הדבר היחיד שאני צריך לעשות הוא להגדיר פרק חדש באמצעות הפקודה `\chapter{TitleOfChapter}`.
  5. LaTeX מקל על החלפת סדר הפרקים
    בשלב מסוים, החלטנו לשנות את סדר הפרקים שלי. המשמעות היא שכל הפניה באותו פרק, שמתחילה במספר של אותו פרק ( למשל איור 2.1 או טבלה 2.1), תצטרך להיות מוחלפת למספר הפרק החדש. אני לא בטוח עד כמה זה מתסכל ב-Microsoft Word או LO Writer, אבל במקרה שלי, זה היה פשוט כמו החלפת פקודות הקלט:\input{Chapter1}
    \input{Chapter 2}
    \input{Chapter 3}

מהסיבות האלה, הייתי מאוד מרוצה מהבחירה שלי עבור LaTeX:

 

טיפים וטריקים

Convinced to write yours in LaTeX as well? Good! But as you can expect, not everything will run as smooth as you would like to. There were still be many frustrating moments. I think Jaime RGP’s wording was spot on:

My experience is that LaTeX is both powerful and fragile. Obtaining good results is a matter of choosing tens of packages and patches, which can generate confusing results if you do not know what is going on. I still don’t know what is going on, and my thesis has a strong focus on software development.

Jaime RGP

Nevertheless, maybe these tips could get you started and avoid some of the things that I struggled with:

  1. Find a good template
    You need to start somewhere. Figure out whether your university/research institute already provides a LaTeX template that you can use. If not, look online, there are plenty of good free thesis templates available. For example, I decided to start with the TU Delft template as it already looks pretty neat.
  2. Decide whether you’ll be working locally or online
    LaTeX is available for all major operating systems. After finding the right installation instructions, you should pick your favourite LaTeX editor and you can get started! Alternatively, if you want to avoid installing anything, you could use one of the online available LaTeX editors. For example, one popular tool today is Overleaf, which has some pretty nice features, such as collaborative writing and direct submission to journals. For my PhD, I decided to use Overleaf.
  3. Follow a short tutorial
    There are plenty of free good tutorials available on the internet. Maybe find one for the editor that you decided to use. I, for example, heavily used Overleaf’s Tutorial page.
  4. Dare to ask
    If you’re struggling with something, search the web. There are great communities that probably have answered your question, such as the LaTeX Stack Exchange. Can’t find an answer to your question? Dare to ask!
  5. Find a way to share with your supervisor(s)
    I have four (!) supervisors working at three (!) universities. Each of them has their own style of correcting my drafts. I learned a lot from this. Discuss what makes them feel comfortable, but also see what’s possible for you. I gave them several options: 

    1. Create a free Overleaf account and track changes in the online editor
    2. Print a hard copy per chapter and mark comments by hand
    3. Convert your LaTeX document to .docx (I’ll write a bog post about how I tackled this somewhere in the near future) and mark changes with the track changes option
  6. References
    Figure out how you will handle your references. For this you will probably need to export a .bib file from your favourite reference manager (Endnote, Mendeley, Paperpile, …). and import that in LaTeX. In my case, I coupled my Mendeley library to my Overleaf account which did all of this automatically. I personally think this is a very neat feature. Furthermore, when an entry was incorrect (e.g. missing the pagenumbers), I just used Mendeley’s DOI search option (the small magnify glass next to DOI) to update these details, which where automatically synced to the .bib file on Overleaf. However, LaTeX was not capable of parsing the html tags that indicate when a species name should be in italics in the title. I solved this by downloading the .bib file, run this helpful python script and reupload my new .bib file. That worked like a charm! Nevertheless, manual curation of the references, was still a necessity.

You should be writing

Now, stop procrastinating and get started!

Cheers,
Sander

12 thoughts on “Writing my PhD thesis in LaTeX: my personal experience”

    1. I’m just curious, in order to connect Mendeley with Overleaf, did you upgrade to a paid subscription? And if so, would you recommend it?

      I’m 3rd year PhD and in the process of writing my Thesis using Latex and I’m wondering about transferring onto Overleaf.

      Thanks, Seren

      Like

      1. Hi Seren,

        Thanks for passing by!

        From what I remember, the Mendeley integration should be available for the free version as well. However I did switch to a paid subscription (students get discounts) rather quickly because I had storage troubles and wanted to make use of the sharing options. The latter did not really work out, but I did need the space as soon as my thesis was getting bigger and bigger.

        Good luck!
        Sander

        Like

    2. Hi Sander,

      Thanks for the nice post. I wonder how you included bibliography in your thesis? I follow your decision to use Delft PhD template, and apparently the bibliography list is not printed. Any idea?

      Thanks, Eko

      Like

      1. Hi Eko,

        Thank you!

        Yes, I did include a bibliography. I connected my Overleaf account with Mendeley and added the following code to the main tex file: “\addbibresource{mendeley.bib}”

        Then I needed some additional tweaking to get the bibliography file the way I wanted.

        Hope this already helps…

        Sander

        Like

    1. think you for this blog Post it was really great help for me.
      can you give me some guidelines on how to convert my LaTeX document to .docx

      Like

      1. Hi Adil,

        I just realised I never wrote that blog post. I’ll try to do that!

        For the time being: I used pandoc with the following command to convert from tex to doc:

        pandoc -s introduction/introduction.tex -o introduction/introduction.docx –bibliography=mendeley.bib –csl ../american-psychological-association-6th-edition-etal2.csl

        Like

    2. Hi,
      I’m currently trying to write my thesis in Latex, because many people had told me that I would run into troubles when writing a long document in Word. I had written the first chapter of my thesis in word, then converted it manually into Latex. This took quite a while, so I decided to write the rest directly in Latex. Which brings other problems with it. I feel like seeing all the code of Latex around the words I will actually see really keeps me from writing well. Did this cause you any trouble? How did you get around this? Thanks.

      Like

      1. HI Jessica,

        Thanks for leaving a comment. First of all, don’t feel pushed to use LaTeX. I understand why people say that you could run into trouble using Word, but I also want to mention that in my previous lab, of the 8 people who got their PhD degree in the last two years, I was the only one not writing in Word. Just to show you that it is perfectly doable to write your thesis in Wordnot. Besides, I ran into many problems writing in LaTeX as well. In a big project like this, I am sure that everybody will run in to some problems, independent of what tool they use to write down their PhD. So why not stick with Word if that fits your needs and habits?

        I also understand that some of the code around the words might be distracting in the beginning, when you just want to write down your train of thoughts. Well, what really worked for me was using the shortcuts, e.g. ctrl + i for italics, ctrl + b for bold, etc… In this way I did not have to type the commands, but they would be automatically generated as soon as I needed them. Secondly, in Overleaf I was used to generating the previews, so as soon as I wanted to edit some of my writing. Therefore, I would actually use the rendered PDF instead of the LaTeX code. Finally, you will get used to it more quickly than you imagine. If you are not doing something fancy, the LaTeX code will be rather simple and the more you write with it, the more used you will get in processing these code chunks quickly.

        But remember: try out some things, but eventually choose what fits the best for you.

        Like

  1. I am also a 3 rd year PhD student and I need to write my thesis in latex but I don’t have any experience of using latex. where can I get the full packages of latex?

    Like

  2. Hello,
    Thank you for this useful article. Is there an easy & automated way of converting latex files to docx? Thank you

    Like

השאר תגובה